A Secretaria Executiva dos Conselhos é responsável pelo assessoramento aos Conselhos Superiores da FURG (CONSUN e COEPEA). O Conselho Universitário (CONSUN) é o órgão máximo deliberativo da Universidade, destinado a traçar a política universitária e a funcionar como órgão recursal das decisões tomadas pelo COEPEA. O Conselho de Ensino, Pesquisa, Extensão e Administração (COEPEA) é o órgão superior deliberativo da Universidade em matéria administrativa, didático-científica, tecnológica e cultural.